子供の熱が下がらない

６歳の息子が、一週間前から発熱してまだ落ち着きません。新入学の後なので疲れが出たのかと思っていましたが、38度から40度の熱が上がったり下がったりでかかりつけの大学病院へも一般外来、救急外来と何度も足を運びました。

採血の結果、インフルエンザ球菌と黄色ブドウ球菌が（＋１）と出ましたが、ブドウ球菌は風邪ひいたときはたいてい出ますよね？
インフルエンザ菌は今回が初めての感染ですが、（＋１）でも発熱が続いたり咳が止まらなかったりするものなのでしょうか？
熱が高く、頭痛も訴えた時、ＣＲＰが７．９と高かったのですが点滴はせず、胸部レントゲンだけでした。
結果は肺炎などにはなっていませんでしたが、この数日は腹痛を訴えたりもします。
夜間には咳き込んで吐くことが毎日のようで・・・。
ばい菌感染だと言われているのですが、もう8日間熱が落ち着かず、咳の具合も落ち着かず、身体が疲れているのかよく眠ります。
薬はメイアクトがばい菌によく効くと言われて処方されていますが、この１～２日か効き目が薄れているように感じています。
来週にもまた受診予定ですが、ばい菌感染とは別に何か考えられる病気などの可能性はないのでしょうか？
このまま回復を待っていいのでしょうか？
専門家の方のご意見もお聞きできればと思います。
お願いします。